prokázání, že dlouhodobé podávání relativně nízkých dávek klonidinu snížilo citlivost krevních cév na vazodilatační a vazokonstrikční léky u zvířat, vedlo k jeho zkoumání v prevenci migrény u člověka. Výsledky placebem kontrolovaných a otevřených terapeutických studií ukázaly, že klonidin v nízkých dávkách (75 až 150 hrnek denně) je užitečný při prevenci migrénových bolestí hlavy u přibližně 30% -50% pacientů. V kontrolovaných a otevřených studiích bylo hlášeno 50% nebo větší snížení frekvence bolesti hlavy nebo indexů bolesti hlavy u 40% pacientů. Klonidin, stejně jako jiné léky používané při intervalové léčbě migrény, lze tedy očekávat, že bude účinný pouze u části pacientů. Ačkoli klonidin nebyl srovnáván přímo s jinými léky používanými při profylaktické léčbě migrény, obecný klinický dojem je, že je méně účinný než pizotifen nebo methysergid. Vzhledem k tomu, že je relativně dobře snášen v dávkách 75 až 150 hrnků denně, je hoden pokusu, zejména u pacientů, u nichž se předpokládá, že poprvé potřebují profylaktickou léčbu migrény, a když se migréna vyskytuje ve spojení s hypertenzí. Při dávkách používaných při profylaxi migrény, které jsou téměř vždy nižší než u hypertenze, klonidin nezpůsobuje hypotenzi a může být použit u pacientů s kardiovaskulárním onemocněním. Hlavními vedlejšími účinky jsou ospalost a sucho v ústech, které mají tendenci se snižovat, jak léčba pokračuje.