v té době dva římští generálové bojovali za vůdce římské republiky. Byli to Pompeius a Julius Caesar. Julius Caesar porazil Pompeia v bitvě u Pharsalu v Řecku, 48
Ptolemaios a jeho stoupenci si mysleli, že Caesar bude potěšen, ale to byla velká chyba. Caesar omilostnil mnoho senátorů, kteří proti němu bojovali. Jeho důvodem bylo položit půdu pro mír v Římě. Pompeiova vražda přešla přes Caesarovy plány. Co je horší, Pompeius byl římský konzul a vdovec po Caesarově jediné dceři Julii. Ještě horší je, že Pompeius byl sťat před svou pátou manželkou a dětmi, kteří byli na lodi, ze které právě vystoupil. To zajistilo, že Pompeiova mocná rodina a příznivci nikdy nezapomenou a vždy budou Caesarovými nepřáteli. Nakonec si vzala oba jejich bratry.
pak Caesar přišel do Alexandrie, hlavního města Egypta. Ekonomicky, Egypt byl chléb koš, který by mohl nakrmit obyvatele Říma. Kleopatra přijala Caesara svým jedinečným způsobem. Lehla si na koberec. Pak její služebníci srolovali koberec s Kleopatrou uvnitř. Pak byl koberec odvezen do paláce, kde pobýval Caesar. Strážci viděli, jak někteří lidé nesou koberec a nezastavili je. Odnesli koberec Caesarovi. Pak Kleopatra vyšla z koberce. Caesar se do ní zamiloval a stali se milenci. V té době bylo Kleopatře 21 let a Caesarovi 52 let.
Caesar se rozhodl znovu učinit Kleopatru královnou. Ptolemaiovi se to nelíbilo. Bojovalo se hodně, ale Caesar vyhrál. Ptolemaios se pokusil odejít, ale spadl do řeky Nil a utopil se. Další mladší bratr se stal králem, ale Kleopatra byla opět skutečným vůdcem Egypta. Kleopatra se neoženila s Juliem Caesarem, ale měli syna. Jmenoval se Caesarion.
brzy poté, co se Caesarion narodil, byl Caesar zavražděn, když šel do senátu v Římě. Kleopatra a její doprovod byli v Římě, když byl Caesar zavražděn 15. března 44