Cn3D je vizualizační nástroj pro biomolekulární struktury, sekvence a zarovnání sekvencí. To, co odlišuje Cn3D od jiného softwaru, je jeho schopnost korelovat informace o struktuře a sekvenci: například vědec může rychle najít zbytky v krystalové struktuře, které odpovídají známým mutacím onemocnění, nebo konzervované zbytky aktivního místa z rodiny sekvenčních homologů. Cn3D zobrazuje zarovnání struktury a struktury spolu s jejich zarovnáním sekvencí založenými na struktuře, zdůraznit, jaké oblasti skupiny příbuzných proteinů jsou nejvíce zachovány ve struktuře a sekvenci. Zahrnuty jsou také vlastní funkce označování, vysoce kvalitní grafika OpenGL a řada exportů souborů, díky nimž je Cn3D výkonným nástrojem pro anotaci literatury. Cn3D je obvykle spuštěn z WWW prohlížeče jako pomocná aplikace pro systém entrez NCBI, ale může být také použit jako samostatná aplikace.
s verzí 4, Cn3D je nyní kompletní více zarovnání editor, jakož, a obsahuje algoritmy pro zarovnání sekvence do jiných sekvencí a struktur. Nyní můžete vytvářet a dokonce komentovat více zarovnání. Cn3D se používá jako primární zarovnání curation nástroj pro CDD projektu.