v roce 1949 Kluckhohn začal pracovat mezi pěti sousedními komunitami na jihozápadě: Zuni, Navajo, Mormon (LDS), Španělsko-Americký (mexicko-americký) a Texas Homesteaders klíčovým metodologickým přístupem, který vyvinul společně se svou ženou Florence Rockwood Kluckhohn a kolegy Evon z. Vogt a Ethel M. Albert, mimo jiné, byla teorie orientace hodnot. Věřili, že mezikulturní porozumění a komunikaci lze usnadnit analýzou orientace dané kultury na pět klíčových aspektů lidského života: Lidská přirozenost (lidé vnímáni jako vnitřně dobří, zlí nebo smíšení); vztah člověk-příroda (názor, že lidé by měli být podřízeni přírodě, dominantní nad přírodou nebo žít v souladu s přírodou); čas (primární hodnota kladená na minulost / tradici, přítomnost/požitek nebo budoucnost/potomstvo/zpožděné uspokojení); činnost (bytí, stání/vnitřní vývoj nebo činění/snaha/pracovitost); a sociální vztahy (hierarchické, kolaterální/kolektivní rovnostářské nebo individualistické). Metodu orientace hodnot vyvinula Florence Kluckhohnová a její kolegové a studenti v pozdějších letech.
Kluckhohn získal během své kariéry mnoho vyznamenání. V roce 1947 působil jako prezident Americké antropologické asociace a stal se prvním ředitelem ruského Výzkumného centra na Harvardu. Ve stejném roce získala jeho kniha Mirror for Man cenu McGraw Hill award za nejlepší populární psaní o vědě.
Kluckhohn zpočátku věřil v biologickou rovnost ras, ale později obrátil svou pozici. Kluckhohn v roce 1959 napsal, že „ve světle hromadění informací o významně se měnícím výskytu mapovaných genů mezi různými národy se zdá být nerozumné předpokládat, že „vrozená kapacita člověka se neliší od jedné populace k druhé“…. Za předpokladu, že specifické kapacity jsou ovlivněny vlastnostmi každého genofondu, zdá se velmi pravděpodobné, že populace se kvantitativně liší ve svých potenciálech pro konkrétní druhy úspěchů.“
Clyde Kluckhohn zemřel na infarkt v kabině na řece Upper Pecos poblíž Santa Fe v Novém Mexiku. Přežil ho jeho manželka, Dr. Florence Rockwood Kluckhohn, který také učil antropologii na Harvardově Katedře sociálních vztahů. Clyde Kluckhohn byl také přežil jeho syn, Richard Kluckhohn. Většina jeho prací se koná na Harvardské univerzitě, ale některé rané rukopisy jsou uchovávány na University of Iowa.