Ellis pracoval v Bell Labs v letech 1969 až 1972 na teorii pravděpodobnosti aplikované na teorii výpočetní techniky. V roce 1972 se stal odborným asistentem a zakládajícím členem oddělení informatiky na University of Colorado Boulder, aby pracoval na výzkumu operačních systémů.
Ellis přijal pozici o tři roky později jako odborný asistent v EECS na MIT, aby pracoval na výzkumu souvisejícím s ARPANET. Po roce opustil MIT, aby začal pracovat na Xerox PARC a Stanford University. Ellis zůstal na Xerox PARC a Stanford University téměř deset let. Během svého působení pracoval na ikonovém GUI, objektově orientovaných programovacích jazycích a groupwarových systémech. „Byl součástí týmu sociologů, psychologů a počítačových vědců, kteří pracovali na Alto, prvním osobním počítači na světě (PC) a souvisejících rozhraních a softwaru. Mnoho z těchto inovací ze 70. let, kterých byl Ellis součástí, bylo později široce komercializováno, například v počítači Lisa společnosti Apple a softwaru MS-DOS společnosti Microsoft. V PARC vedl Ellis kancelářskou výzkumnou skupinu, která vyvinula první kancelářský systém, který používal ikony a Ethernet pro spolupráci na dálku.“
v polovině 80. let vedl Ellis výzkumnou skupinu Groupware v mikroelektronice a počítačové technologii Corporation (MCC). Zatímco v MCC, vedl úsilí v oblasti spolupráce v reálném čase, a byl průkopníkem v oblasti operační transformace. V časných 1990, Ellis opustil MCC, aby se stal hlavním architektem toku workflow produktu Bull S.A. ve Francii.
v roce 1992 se Ellis vrátil na University of Colorado Boulder jako plný profesor s držbou v oddělení informatiky. Tam pokračoval ve své práci na groupware, zejména příští generace, rozsáhlé systémy Workflow, a systémy podpory schůzek zprostředkované agenty. V roce 2009 se stal emeritním profesorem na univerzitě, kde trval na pravidelné výuce úvodního výpočetního kurzu, aby “ povzbudil studenty všech etnik, aby rozšířili své obzory.“Poskytnout studentům další příležitosti k výkonu vědy a techniky, Ellis“ pomohl založit 10týdenní letní multikulturní přístup k výzkumu školení (SMART) program na univerzitě.“
v roce 2013 získal Ellis Fulbrightovo stipendium k výuce a provádění výzkumu na katedře informatiky na Ashesi University. V Ashesi, jeho výzkumné zájmy byly vývoj počítačových systémů simulovat alternativní formy vlády pro rozvojové země.