Abstrakt
Hlavní pokroky v editaci genomu byly nedávno umožněny vývojem metod TALEN a CRISPR / Cas9. Rychlost a snadnost implementace těchto technologií vedla k explozi mutantních a transgenních organismů. Krokem omezujícím rychlost při efektivním uplatňování metod TALEN a CRISPR / Cas9 je výběr a návrh konstruktů cílení. Vyvinuli jsme online nástroj CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), který urychlí proces návrhu. CHOPCHOP přijímá širokou škálu vstupů (identifikátory genů, genomové oblasti nebo vložené sekvence) a poskytuje řadu pokročilých možností pro výběr cíle. Používá efektivní algoritmy pro zarovnání sekvencí k minimalizaci doby vyhledávání a přísně předpovídá vazbu jednostranných RNA (sgrna) a Talenů mimo cíl. Každý dotaz vytváří interaktivní vizualizaci genu s kandidátskými cílovými místy zobrazenými na jejich genomických pozicích a barevně kódovanými podle skóre kvality. Kromě toho, pro každý možný cílový web, jsou vizualizována restrikční místa a kandidáti primerů, což usnadňuje efektivní potrubí generování a validace mutantů. Snadnost použití a rychlost CHOPCHOPU z něj činí cenný nástroj pro genomové inženýrství.